Pada tanggal 5 September 2016, SMA Negeri 3 Kalabahi didirikan. Didirikan dengan tanpa adanya ruang belajar, ruang guru serta fasilitas pendukung lainnya sebagai layaknya sebuah sekolah didirikan, bahkan tidak ada siswa sama sekali. Namun berkat atas Rahmat Tuhan Yang Maha Kuasa dan atas partisipasi aktif dari Kepala sekolah serta guru-guru, maka siswapun mulai berdatangan, walaupun jumlahnya tidak memadai selayaknya sekolah yang lain untuk memenuhi kuota rombongan belajar, akan tetapi SMA Negeri 3 Kalabahi tidak pantang mundur dan tidak mengundurkan niat untuk menjalankan tugas dan tanggungjawab sebagai seorang guru yang mencerdaskan anak bangsa. 

Tahun-tahunpun berlalu, begitu juga jumlah siswa yang mulai bertambah seiring berjalannya waktu. Perhatian pemerintah pun mulai berdatangan, dengan adanya Dana BOS tahun 2017, adanya sumbangan 13 Unit Komputer USBN, sumbangan pembelajaran, bahkan yang tidak pernah terbayangkan oleh guru-guru SMA Negeri 3 Kalabahi dan kepala sekolah adalah mendapat bantuan DAK 2020 berupa Ruang Guru dan perabotnya. Sungguh membutuhkan perjuangan yang berat untuk mendapatkan ini semua, dengan terus berserah kepada Tuhan. Karena SMA Negeri 3 Kalabahi ada atas seizin Yang Maha Kuasa, sehingga SMA Negeri 3 Kalabahi tidak akan ditutup begitu saja. Karena banyak isu-isu yang berdatangan bahwa sekolah ini akan ditutup, namun kepercayaan dan doa guru-guru, kepala sekolah serta orangtua murid mengalahkan isu-isu tersebut. 

Bukti nyata pada hari ini tanggal 5 September 2020 SMA Negeri 3 Kalabahi merayakan ulang tahunnya yang ke-5 tahun. Ini membuktikan bahwa SMA Negeri 3 Kalabahi tetap berjaya. Guru-guru semakin bertambah, siswapun semakin banyak. Ini merupakan berkat yang tak terhingga dari Yang Maha Kuasa. SMA Negeri 3 Kalabahi akan terus berkarya dan membuktikan bahwa kami ada dan kami juga mampu bersaing dengan sekolah-sekolah yang telah berdiri dari dahulu.

Jaya selalu SMA Negeri 3 Kalabahi, tidak ada kata menyerah dan hilang harapan untuk SMANTIG Tercinta.